ד"ר יעקב שפירא מומחה בכירורגיה אורתופדית ורופא בכיר במערך האורתופדי בקריה הרפואית רמב״ם. עוסק בהחלפות מפרקי הירך והברך תחת הנחייה רובוטית וניתוחי ארטרוסקופיה של מפרק הירך לרבות תסמונת תפס של מפרק הירך, קרעים של הלברום, חוסר יציבות של מפרק הירך, תסמונת כאב של צד הירך (בורסיטיס, קרע של הגלוטאוס מדיוס), ותפירת גידים סביב הירך. 

עם סיום התמחותו בבית החולים רמב״ם, ד״ר שפירא עבר השתלמות מעשית ב American Hip Institute בשיקגו, ארה״ב במשך שנתיים.

ד"ר שפירא פרסם כ-50 מאמרים אקדמיים בעיתוני ביקורת עמיתים והרצה במספר כנסים מקצועיים בינלאומיים.

הוא חבר במספר איגודים אורתופדיים בישראל וארה״ב.